Ja, sorry…das war recht unverständlich beschrieben.
Ich hoffe, diesmal gelingt es mir etwas besser… 
Offenbar ist es - auch wenn es wohl so nicht geplant ist - möglich, über die manuelle Kategorie(bzw- Artikel-) zuordnung (im Kategoriebereich des backends), einen Artikel einer Kategorie der obersten Ebene direkt zuzuordnen.
Da ich das zugehörige Tutorial nicht gelesen hatte, war mir nicht bewusst, dass dies so nicht gedacht ist, sondern wollte - meiner eigenen Logik folgend (und übrigens wie auch der Kollege im von Dir verlinkten Beitrag) - die jeweiligen Produkte nur der Oberkategorie zuordnen und die (bereits vorhandenen)Unterkategorien nur dazu verwenden, um Deeplinks auf die jeweiligen Produkte innerhalb der Oberkategorie im Top-Menü zu platzieren.
Witzigerweise ging das auch und das Ergebnis war exakt so wie ich es mir vorgestellt hatte.
Als ich dann allerdings noch eine neue Kategorie anlegte und Kategoriebaum und SEO-Index neu aufbaute, war die Oberkategorie leer und die Artikel allesamt gar nicht mehr aufrufbar. (Status 404 wurde zurück gegeben).
Nun wollte ich, um das Problem zu beheben, eine neue (Ober-)Kategorie anlegen, um die Produkte dort hinein zuzuordnen. Diese neu angelegte Kategorie sollte aber eigentlich denselben Namen und SEO-URL (um die Link-Struktur konsistent zu halten) haben, wie die bisherige Oberkategorie.
Die Kategorie konnte ich zwar mit dem gleichen Namen wie die bisherige anlegen, jedoch wurde die SEO-URL nicht erneut generiert (was ja logisch ist, da ja bereits vorhanden).
Bis hier her ist alles soweit nachvollziehbar und entweder ein Bedienungsfehler (also überhaupt den Wunsch zu haben, Produkte einer Oberkategorie zuzuordnen), oder eine Lücke im System (dass dies offenbar möglich ist, obwohl es nicht sein sollte).
Das eigentliche “Problem” trat letztlich aber dadurch auf, dass in der beabsichtigten (Ober-)Kategorie bereits Unterkategorien angelegt waren und die Oberkategorie somit nicht mehr für die zugeordneten Produkte verwendbar war.
Die naheliegendste Lösung wäre also gewesen, eine neue Kategorie mit exakt demselben namen und SEO-URL anzulegen, aber das wurde dadurch verhindert, dass eine einmal angelegte SEO-URL im System offenbar anschließend nur noch durch manuellen Datenbank-Eingriff gelöscht werden kann. Einfaches Ändern der Kategorie/SEO-URL im Backend ändert dann zwar Name und SEO-URL der vorhandenen Kategorie, aber es kann eben trotzdem die SEO-URL nicht erneut vergeben werden, da diese in der Datenbank nach wie vor hinterlegt bleibt und entsprechend künftig blockiert ist.
Allerdings - und das finde ich lösen andere CMS/Blog-/Shop-Systeme anders und meiner Meinung nach etwas eleganter. Zum Beispiel fängt Wordpress dies relativ einfach dadurch auf, dass hier in einer DB-Tabelle ein Index geführt wird, über geänderte Kategorien und man entsprechend jederzeit Kategorien (bzw. jede einzelne URL/SEO-URL) jederzeit neu benennen kann und einmal vergebene SEO-URLS eben gerade nicht für künftige Verwendung blockiert werden.
Zugegeben - dies ist ein sehr spezifisches “Problem” welches sich durch ein unglückliches Zusammenspiel von Bedienungsfehler und Systemlücke manifestierte. Nur fängt das System eben gerade so eine Situation wegen der Festschreibung der SEO-URL´s eben auch nicht auf.
Da ich nicht manuell in der Datenbank umeinenander basteln wollte blieb mir nur ein relativ umständlicher Workaround - Anlage einer neuen Kategorie für die Produkte und Einrichtung einer entsprechenden 301 Weiterleitung In die neue Katgorie.
Ich hoffe jetzt war´s verständlicher…umfangreich genug ist der Text ja geworden…