Eine Möglichkeit über das Backend direkt mit dem Kunden zu kommunizieren ist mir nicht Bekannt. Man kann zwar ein Kommentar hinterlegen welches der Kunde im Accout sieht, aber er wird darüber ja nicht benachrichtigt.
Das einzige was mir noch einfällt ist dieses Plugin. Damit lässt sich die Bestellbestätigungsmail, zusammen mit einem Kommentar nochmals an den Kunden senden. Da könntest Du dann z.B. auch reinschreiben “Bitte Vorkasse leisten, da wir sonst stornieren müssen” etc. Für den Fall, dass ihr das lieber manuell machen wollt. Aber dafür kann ich eigentlich das obere Plugin absolut empfehlen. Das kann sogar die Bestellung automatisch stornieren wenn nach einem Zeitraum X keine Zahlung eingegangen ist.