Der Migrationsprozess ist schuld an dem Problem, offensichtlich schafft er das Kopieren der PDF-Dateien nicht bis zum Ende und kopiert immer wieder die gleichen. Nachdem ich das Migrationsplugin deaktiviert hatte, wurden keine Dateien mehr generiert.
Damit ist das Problem zwar gelöst, aber der Fehler im Migrationsprozess nicht behoben.