So, wir haben nun vor ein paar Tagen von SW5 auf SW6 umgestellt.
Die Lösung des hier beschriebenen Problems war für uns tatsächlich dann die Erstellung eines „Klons“ unseres SW5-Shops. In diesem „Klon“ habe ich dann vor der Migration alle Versandarten gelöscht und die URL auf die unseres Produktiv-Shops umgestellt.
So konnten die fehlenden Kunden und Bestellungen migriert werden.
Das mit dem „Klon“ hätte man sich natürlich sparen können, aber falls die Umstellung dann nicht geklappt hätte, hätte man einen SW5 ohne Versandarten gehabt.
Dies nur als Info für diejenigen, die vor dem gleichen Problem stehen.