Also meine Migrations-Erfahrung vor knapp einem Jahr war:
Übernahme der Versandarten klappt nicht. Die muss man sowieso in SW6 neu erstellen.
Dann noch: Bei der zweiten („Nach-“)-„Migration“ der zwischenzeitlich dazugekommenen Kunden und Bestellungen wurden die bereits in SW6 konfigurierten Versandarten wieder „zerstört“.
Für uns war die Lösung:
Vor Beginn der Migration in SW5 alle Versandarten komplett löschen!
So waren jedenfalls alle Kunden und Bestellungen da und die konfigurierten Versandarten in SW6 bleiben erhalten.
Ist aber wie gesagt ca. 1 Jahr her. Ob das Migrationstool inzwischen verbessert wurde, weiß ich natürlich nicht.
Siehe auch hier