Ich habe ein ähnliches Problem hier geschildert: Benachrichtigung bei Zahlungsartwechsel geht nicht - #8 von Tobi_N
Hast du mal geguckt, ob bei den „Geisterbestellungen“ vorher eine andere Zahlungsart, z. B. Paypal ausgewählt war und der Kunde die Zahlung mit PayPal abgebrochen hat und dann auf Vorkasse/Rechnung geswitched ist?