Was tut das Update-Script (update.php) genau?

Liebe Community, ich bin leider noch nicht so erfahren mit Updates von Shopware und hoffe deshalb hier eine Antwort zu bekommen: Bei den früheren Update, z.B. Minor-Update 4.0.7 auf 4.0.8, musste ich nur Dateien austauschen und SQL ausführen. Da ich die Dateien erst lokal ersetzt habe und Netbeans diese dann automatisch mit dem Server synchronisierte, waren lokale und Server-Dateien immer synchron. Was machen aber die Update-Scripts (update.php) bei “Major-Update 4.0.8 auf 4.1.0” und “4.1.0 auf 4.1.1” genau? Nur Datenbank-Transformationen oder werden auch (Script-)Dateien gelöscht oder verändert? Ist nach dem Ausführen der Stand auf dem Server noch konsistent zu meinen lokalen Dateien? (Natürlich abgesehen von Cache, Proxy, etc.) Vielen Dank im Voraus Stephan