Nein das ist schon korrekt so. Eine Rechnung muss den Netto Rechnungsbetrag enthalten, was die Rechnung ja auch hat.
Bei Endkunden musst du definitiv keinen Netto Preis je Position angeben. Was aber sein muss, ist eben der Gesamtbetrag in Netto, was er ja auch eben ist. Falsch wäre es, wenn das Entgeld nicht als Netto Betrag aufgeführt ist.
Und was der Finanzamtheini haben will oder nicht tut gar nichts zur Sache. Wir sind ja hier nicht bei Wünsch dir was … Rechtlich ist es so korrekt, punkt und fertig.
Hier gibt es auch noch ein Urteil vom Bundesfinanzhof: http://www.iww.de/asr/archiv/umsatzsteuer-anforderungen-an-ordnungsgemaesse-rechnung-f37673
BFH, 27.07.2000 - V R 55/99 - dejure.org
Kannste dem ja um die Ohren pfeffern 