php.ini wird vom System gelöscht

Hallo zusammen,
ich habe folgendes Problem:

Wenn ich ein Plugin update oder ein altes Plugin lösche, löscht Shopware automatisch meine php.ini.
Damit ist der Shop natürlich nicht mehr erreichbar! Mir ist der Fehler zum Glück aufgefallen und ich konnte ein Backup der Datei einspielen.

Wie kann das sein und was läuft da schief? Das Verhalten ist jedes Mal reproduzierbar.

Wo liegt die php.ini denn?

I.d.R. liegt sowas ja nicht im Shop-Verzeichnis selbst, sondern irgendwo außerhalb des Shopverzeichnisses.

Hallo Moritz,
ja, ich habe die php.ini tatsächlich im root Shopware Verzeichnis liegen.

Wo sollte sie denn besser liegen und wie sorge ich dann dafür, dass sie auch ausgeführt wird?
Ich habe unseren Server gerade zu 1und1 umgezogen und habe dort einen Managed Server. 

Danke
Robert

… habe es jetzt gelöst, indem ich die Datei ne Etage höher gezogen und folgenden Befehl in der Shell ausgeführt habe:
find -type d -exec ln -s $PWD/php.ini {}/php.ini ;

Ist das die beste Lösung?

Grüße
Robert