Moin @kraeft-hude,
bist du nach der Dokumentation vorgegangen?
Dort steht unter dem Punkt „Datencheck“, dass Shopware überprüft, ob es doppelte Einträge gibt. Gab es bei dir einen solchen Fehler?
Ansonsten besteht auch die Möglichkeit, die Migration beliebig oft zu wiederholen. Vielleicht hat die Datenbank einfach nur einen Fehler, welcher bei einer erneuten Migration möglicherweise nicht auftritt.
Dein Problem mit den Zahlungsmethoden wird vermutlich eine falsche Zuordnung sein, da auch die Icons nicht vorhanden sind.
Gruß
Florian
P.S.: Vielleicht hilft dir dieser Beitrag: Migrations-Assistent