Wir haben bei unserem Shop leider das gleiche Problem feststellen müssen, allerdings beschränkt es sich bei uns nicht nur ausschließlich auf die Kategorien.
Leider war unsere bisherige Anfrage (Migration von sämtlichen Mediendaten schlägt fehl) nicht sehr fruchtbar.
Das Problem der fehlenden Hex-Ordner konnten wir aufgrund der log-dateien ebenfalls feststellen.