Vorweg, genau für diesen Zweck gibt es auch fertige Plugins, einfach mal im Store schauen.
Für Leute die ein wenig basteln möchten, müsste man das doch eigentlich mit dem Flow Builder lösen können.
Jetzt mal schnell runtergebrochen, ohne es testen zu können:
Auslöser: Bestellabschluss / Bestellung / Eingang
Bedingung: Neue Regel im Rule Builder → Position mit Lagerbestand kleiner gleich 3
Aktion: E-Mail verschicken. Neues E-Mail Template anlegen, mit der lineItems[0] Variable kann man auf die einzelnen Positionen der Bestellung zugreifen.
Mehr zu den E-Mail Templates hier: