Klingt erstmal eher nach einem Konfigurationsproblem. Die index.php muss ja aufgerufen / ausgeführt werden. Habe da so bisher von keinem Problem mitbekommen. Was passiert denn, wenn du die aufrufst / ausführst?
Da stimmt vermutlich etwas mit der Serverkonfiguration nicht - da solltest Du Dich mal an Deinen Hoster wenden. Ich hoffe für Dich, daß man nicht auch die config.php mit Deinen Datenbankzugangsdaten herunterladen kann…
aktuell ist die neue SW Version nur in einer Test-Umgebung aktiv.
Allerdings mit den selben PHP Einstellungen. In den Live-Shops werden die PHP Dateien auch nicht als Download angeboten.
In dem Test-Shop auch erst seit dem Update auf 5.3.
An der htaccess wurde für Shopware nichts verändert. Lediglich erweitert mit order dany/allow Anweisungen.