Hi @blueroger !
Zu Frage 1. Ausschließen von Katgorien geht im Moment nicht. Du kannst aber den SalesChannel Einstiegspunkt/Footeinstiegespunkt etc in den Saleschannel Einstellungen ändern, danach werden nur Kategorien unter dem jeweiligen Einstiegspunkt für den Kategorie breadcrump verwendet. Alternativ ist die Funktionalität, Urls nach Entität (also je Produkt, je Kategorie) hart mit einem eigenen String zu überschreiben schon Backendseitig implementiert, das Interface im Admin hat es aber leider nicht mehr ins EA2 Release geschafft. Spätestens im nächsten Release oder „bald“ auf dem Master wird dies aber möglich sein. Als dritte Möglichkeit kannst du auch dein Template anpassen, um ein gewisses Verhalten zu erzwingen (siehe Antwort auf Frage 2).
Zu Frage 2. Die Templates im Seo Modul sind einfach Twig Templates, in denen du verschiedene Operatoren verwenden kannst. Um deine Url komplett klein zu schrieben, kannst du den „lower“ filter verwenden, z.b. so:
{{ product.translated.name|lower }}/{{ product.productNumber|lower }}
Wenn du mit deinen Urls lieber schreien möchtest, kannst du auch „upper“ verwenden, um alles in Großbuchstaben zu schreiben
{{ product.translated.name|upper }}/{{ product.productNumber|upper }}
Mehr Infos sowie eine Liste aller möglichen Filter findest du in der Twig Dokumentation unter Filters - Documentation - Twig - The flexible, fast, and secure PHP template engine, wobei natürlich nicht alle möglichen Optionen Sinn für eine Url machen. Auch IF-Abfragen, FOR-Schleifen etc sind mit Twig möglich, einfach mal googlen 
Wichtig ist, das du nach dem ändern des Templates einmal reindexierst (wie oben beschrieben)
Zu Frage 3:
Alte Urls „redirecten“ automatisch. Sobald du eine neue Seo Url generiest, wird die alte nie gelöscht, sondern nur auf „inaktiv“ gesetzt. Navigiert nun ein Nutzer z.B. über einen Link in einer Email auf eine deaktivierte/überholte URL, bekommt er trotzdem den ihr zugeordneten Inhalt ausgeliefert. Die Kennzeichnung, welche URL die aktuelle ist, läuft über den sog. „canonical“ tag, den Suchmaschienen wie redirects verarbeiten ( siehe z.B. Canonical Tag einfach und verständlich erklärt - SEO-Küche )
Beste Grüße aus Schöppingen
Sebastian