Hallo!
Bei den alten OXID Version (< 4.9) wurde noch mit MD5 + Salt verschlüsselt - das kann das Migrationstool meines Wissens nach derzeit nicht umsetzen. Wahrscheinlich muss hier ein zusätzlicher Password Encoder her - siehe auch: https://developers.shopware.com/developers-guide/password-encoder/
Die Datenbank auf die aktuelle Version zu ziehen, wird sehr wahrscheinlich (imho) nicht funktionieren, da OXID die Passwörter beim Login neu verschlüsselt und nicht durch die Update Routine.
Ich denke das werden wir auch noch was basteln müssen, da wir natürlich nur aktive Konten getestet haben. 
Also wenn noch etwas Geduld (einige Tage) ist, gebe ich dazu gerne Feedback.
Bitte aber meine Aussagen nochmal prüfen und nicht blind drauf verlassen - habe das auch gerade nur überflogen. 