Bei nicht Core-Plugins müsste auch bei deinstallierten Plugins noch ein „Papierkorb“-Symbol erscheinen. Damit kann man die Plugins dann auch „auf der Platte“ löschen. Ansnonsten einfach per FDP das Plugin löschen. Wenn es nicht mehr entweder unter „custom/plugins/“ (neue Struktur) oder „/engine/Shopware/Plugins/Local|Community/“ vorhanden ist, wird es eigentlich auch nicht mehr angezeigt.
Mit dem Updateproblem dürften die aber nichts zu tun haben.