Wie kann ich die Position (Reihenfolge) der Länder PRO SUBSHOP angeben?

Lääst sich das im Backend irgendwie machen oder muss das mittels Plugin/im Theme Anpassung gemacht werden?

Im Standard geht das nicht, da ist die Position absolut für alle Shops.
Du könntest aber sicherlichd ie Attribute nutzen und selbst eine Sortierung implementieren. Dafür müsstest du zunächst checken, ob die Attribute der Länder auch im Frontend verfügbar sind. Dann ist es “nur” eine Theme Anpassung, wenn nicht, musst du dir ein Plugin schreiben.