Naja, im Standard kann Shopware gar keine Bestellungen von Amazon importieren. D.h. ihr nutzt dafür irgendeine Logik/Plugin. Diese Logik/Plugin wird die Bestellungen irgendwie in Shopware einpfelgen.
Anhand der vielen “irgendein/irgendwie” lässt sich erkennen, dass man hier nicht genau weiß von was du redest 
Daher meine Empfehlung: Entweder hier mit dem Hersteller der Logik/Plugin sprechen und fragen, ob man hier eingreifen kann oder komplett daran vorbei arbeiten:
Das ginge z.B. mit einem Cronjob. Der prüft alle 10 Minuten die Bestellungen, die noch nicht exportiert wurden. Diese werden dann an euere System übermittelt und via Freitextfeld auf “übermittelt” gesetzt (Boolean Flag). Fertig.
Viele Grüße