Wir standen vor ca 3 Jahren vor dem gleichen Problem, haben keine Lösung gefunden und mussten schlußendlich alle Artikel im Shop (mit gleicher EAN/SKU) neu anlegen und anschließend synchronisieren.
Wie es bei Artikeln mit nicht erlaubten Shopware Sonderzeichen für die Ordernumber in der Amazon SKU aussieht, kann nix sagen.