Sobald ich den (deinen) code im eigenen Theme nutze, werden die Unterseiten wieder auf index,follow gesetzt. 
Hast du einen Link, wo ich das bei dir ansehen kann? Und welche SW-version nutzt du?
Verwende mal diesen Code
{extends file="parent:frontend/plugins/seo/index.tpl"}
{block name='frontend_index_header_meta_robots'}{if $SeoMetaRobots}{$SeoMetaRobots}{else}{$smarty.block.parent}{/if}{/block}
{block name='frontend_index_header_meta_description'}{if $SeoMetaDescription}{$SeoMetaDescription|truncate:250:"...":true}{else}{$smarty.block.parent}{/if}{/block}
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@simplybecause
danke, das funktioniert jetzt wie es sein soll.
Erklären kann ich mir es immer noch nicht 
Ich bin kein Programmierer und kann es auch nicht erklären, aber ohne den ersten Block
{block name='frontend_index_header_meta_robots'}{if $SeoMetaRobots}{$SeoMetaRobots}{else}{$smarty.block.parent}{/if}{/block}
funktioniert es nicht korrekt.
Da sollte Shopware etwas dazu sagen/schreiben, denn es ist eigentlich korrekt, was Du gemacht hast.