Template mit eigenem Javascript-Block erweitern

Hallo zusammen, im betreffenden Shop wird aktuell das kostenpflichtige Responsive Template von Conexco eingesetzt. Nun habe ich eine generelle Frage: Wie kann ich das Template um einen individuellen JS-Codeblock in einer sauberen Art und Weise erweitern, so daß auch sämtliche Updatefähigkeiten des Templates erhalten bleiben? Konkret geht es mir darum, daß ich über das Custom Products-Plugin als erstes eine Checkbox im Artikellisting einblende. Abhängig, ob die Checkbox angehakt ist oder nicht, soll eine weitere angelege Dropdownbox ein- oder ausgeblendet werden. Es grüßt Grauwolf