Wir haben es genauso gemacht und bisher kein duplicated content diesbezüglich. Hast du die Warnung von Google und Co erhalten, dass duplicated content tatsächlich entstanden ist?
Meine Vermutung: da ihr zum indexieren nur kleingeschriebene URLs übergebt, werden doch auch nur diese indexiert. Glaube nicht, dass die Suchmaschinen die Groß/Kleinschreibung durchprobieren.
Wenn das du weiterleiten möchtest, dann müsstest du ggf. über den Webserver (z.B. Apache oder nginx) gehen.
das Problem sind auch nicht Suchmaschinen, die URL in Groß- und Kleinschreibung durchexerzieren. Meist tauchen URL in verschiedenen Schreibweisen im Google Index auf, wenn die URL in diversen Links unterschiedlich geschrieben wurde.
Da unser Shop noch neu ist, haben wir aktuell noch kein Problem, würde aber dennoch gerne vorbeugen. Über den Server hatte ich auch schon überlegt, wenn es über SW-Einstellungen systemseitig nicht geht: