Leider lassen Sie Zuordnungen zu übergeordneten Kategorien im Backend nicht löschen - der Tab Artikelzuordnung steht nur bei untergeordneten Kategorien zur Verfügung. Beim Artikel direkt geht es, aber bei mehreren Tsd Artikeln nicht praktikabel. Bleibt nur der Weg diese Zuordnungen in der s_aricles_categories direkt zu entfernen, wie auch hier beschrieben http://wiki.shopware.de/files/downloads … 972014.pdf Beim Neuaufbau der s_articles_categories_ro über Kategoriebaum neu erstellen werden jedoch die gelöschten Einträge wieder in die s_articles_categories_ro mit aufgenommen - wo auch immer diese noch zwischengespeichert sind. Auch ein Löschen der nicht gewünschten Kategoriezuordnungen im Backend beim Artikel hatte selbst nach vollständigem Leeren der s_articles_categories_ro und anschließender Neuerstellung des Kategorienbaums zur Folge dass die alten Einträge in der s_articles_categories_ro wieder auftauchten 
EDIT: inzwischen komme ich zu der Überzeugung, dass der erste Screenshot in der genannten Doku schlichtweg falsch ist - dort dürfte nur eine Zeile eingetragen sein, nämlich die eine Leaf-Kategorie, und nicht die dargestellten 3 Zeilen.