Das Problem hat sich auch bei mir vor ein paar Wochen gelöst.
Eine PDF kann keinen Schrägstrich im Dateinamen haben. Shopware benennt die Rechnungen nach folgendem Prinzip: Rechnung_{Rechnungsnummer}.PDF- entsprechend darf auch die Rechnungsnummer keine Schrägstriche enthalten. Nachdem ich es durch einen Bindestrich ersetzt habe, funktionierte wieder alles einwandfrei.
LG