Zunächst einmal hat eure WaWi die Produkte falsch angelegt wenn diese in der Admin nicht sichtbar sind, ich würde hier dringend mit dem Urheber der Schnittstelle zu Shopware sprechen.
Zum Löschen über die Datenbank: Dies ist im Normalfall nicht vorgesehen und aufgrund von Foreign Keys nicht ganz einfach. Du solltest hier in einem Test-System im Vorfeld prüfen welche Auswirkungen das Löschen auf den Shop hat. Ich denke zu hundertprozent wird dir das keiner hier im Vorfeld sagen können.
Da das Produkt in allen Tabellen Referenzen haben kann ist für ein „sauberes“ Löschen auch das Entfernen in allen Tabellen nötig.
Wenn du aber mich fragst würde ich eher in der „product“ Tabelle den Aktiv-Status auf „0“ setzen damit es nicht mehr in der Storefront sichtbar ist, und die Produkte nach Prüfung der Schnittstelle neu anlegen.
So kann man Inkonsistenzen vermeiden und auch Referenzierungen in anderen Modulen (Bestellungen etc.) bleiben erhalten.