bitte mal die Rechte (Owner/Dateirechte) über ein FTP-Programm (z.B. Filezilla) überprüfen und ggf. das Schreibrecht setzen. Dann sollte es keine Probleme mehr geben.
das Verzeichnis .well-known kannst Du im Prinzip löschen (per FTP oder über den Filemanager) - hierbei handelt es sich nicht um eine Datei von Shopware, sondern um die Hash-Validierungsdatei für Dein SSL Zertifikat. 1x validiert, benötigst Du diese nicht mehr.