Es wird nichts gelöscht, es wird nur gelesen. Man darf aber auch nicht davon ausgehen, dass eine Migration auf Knopfdruck und ohne Zutun (vollständig) klappt.
Hier die Doku: http://community.shopware.com/Plugin-Migration-von-anderen-Shopsystemen-zu-Shopware_detail_1011.html
Mein Tipp für Dich: teste es mal.