Eine Codeergänzung von @d.garding haben das Problem leider nicht gelöst - trotzdem ganz herzlichen Dank!
Ich habe nun schlicht und ergreifend einen neuen Startwert des Nummernkreises für Kundennummern gewählt. Scheinbar kamen wir in einen Bereich von bereits existierenden Kundennummer, die bei der Shopwareerstellung vom alten Shop importiert wurden. Warum Shopware gnadenlos doppelte Kundennummern vergibt und nicht auf bereits existierende Kundennummern prüft und diese dann überspringt verstehe ich nicht - muss ich nicht verstehen.