Gibt es eine Möglichkeit der Datenbankbereinigung nach fehlgeschlagenen Updates?

Hallo, wie ich hier im Forum gelesen habe, kann es wohl bei fehlgeschlagenen Updates dazu kommen, dass Datenreste in der Datenbank verbleiben, die da nicht hin gehören.

Zum Verhängnis ist mir das gerade im Rahmen einer Shop-Migration geworden. Hier tauchte in der Console immer wieder die Fehlermeldung auf, dass es einen doppelten Eintrag für einen Primärschlüssel gab. Leider sagte mir die Console dann aber nichts genaueres - also beispielsweise um welche Tabelle oder um welchen Eintrag es sich handelte.

Umgehen konnte ich das Problem nur, indem ich die Datenbank schlussendlich direkt aus PHPMyAdmin exportierte und auf dem neuen Server wieder über PHPMyAdmin importierte wobei ich die Primärschlüsselüberprüfung deaktivieren musste.

Mir ist natürlich klar, dass das keine optimale Lösung ist, weil der Fehler dann ja irgendwo immer noch vorhanden ist und schlimmstenfalls wird er bei jedem Update immer wieder mitgeschleift sofern denn überhaupt noch eins möglich ist.

Deshalb meine Frage: Gibt es denn irgend eine einfache und praktikable Möglichkeit, eine Datenbank grundsätzlich auf solche „Unreinheiten“ hin zu überprüfen und diese auszumerzen?

BG Jens