Eigener Cronjob - wird deaktiviert

Hallo, ich habe einen eigenen Cronjob, welcher keinen Fehler auswirft und als return true hat. Also von der Seite alles korrekt. Startet man den Cronjob manuell über die Backend URL, so läuft dieser einige Sekunden. Direkt mit dem Start wird der Aktiv Haken im Cronjob entfernt. Das Cronscript (eigener Cron)läuft aber parallel noch weiter und wird auch komplett durchgeführt. In den Cron Rückgabeinfo steht true. Hat jemand eine Idee woran dies liegen kann? Shopware 4.3.2 mit PHP 5.4.x und ionCube Verschlüsselung. Danke