du kannst in deiner Installation (vorallem in der CE-Edition) anpassen, was du möchtest. Du solltest dies nur updatesicher tun, wenn du willst, das es beim nächsten Shopware Update nicht wieder zurückgesetzt wird. (Templatedatei-)Anpassungen haben im Bare- und Responsive-Theme nichts verloren und gehören abgeleitet in das eigene Theme, damit sie updatesicher sind.
…und PHP-Dateien zu ändern ist auch nicht verboten. Nur wird es wie sschreier schon schreibt nicht updatesicher sein. Deshalb werden System-PHP Datein mit einem Plugin erweitert oder überschrieben. Im Template wird PHP entweder mit Smarty-Funktionen gelöst oder wenn das nicht reicht über Smarty-Plugins, also ausgelagerten Funktionen.
Die Shopware Themes (Bare & Responsive) sind unabhäning unter der MIT lizenziert. Also hast du hier freie Hand alles anzupassen auch ohne den Quelltext von dir zu veröffentlichen:
Hiermit wird unentgeltlich jeder Person, die eine Kopie der Software und der zugehörigen Dokumentationen (die „Software“) erhält, die Erlaubnis erteilt, sie uneingeschränkt zu nutzen, inklusive und ohne Ausnahme mit dem Recht, sie zu verwenden, zu kopieren, zu verändern, zusammenzufügen, zu veröffentlichen, zu verbreiten, zu unterlizenzieren und/oder zu verkaufen, und Personen, denen diese Software überlassen wird, diese Rechte zu verschaffen, unter den folgenden Bedingungen:
Der obige Urheberrechtsvermerk und dieser Erlaubnisvermerk sind in allen Kopien oder Teilkopien der Software beizulegen.
DIE SOFTWARE WIRD OHNE JEDE AUSDRÜCKLICHE ODER IMPLIZIERTE GARANTIE BEREITGESTELLT, EINSCHLIESSLICH DER GARANTIE ZUR BENUTZUNG FÜR DEN VORGESEHENEN ODER EINEM BESTIMMTEN ZWECK SOWIE JEGLICHER RECHTSVERLETZUNG, JEDOCH NICHT DARAUF BESCHRÄNKT. IN KEINEM FALL SIND DIE AUTOREN ODER COPYRIGHTINHABER FÜR JEGLICHEN SCHADEN ODER SONSTIGE ANSPRÜCHE HAFTBAR ZU MACHEN, OB INFOLGE DER ERFÜLLUNG EINES VERTRAGES, EINES DELIKTES ODER ANDERS IM ZUSAMMENHANG MIT DER SOFTWARE ODER SONSTIGER VERWENDUNG DER SOFTWARE ENTSTANDEN.
Wie gesagt, das gilt nur für die Themes und nicht den PHP-Quellcode von Shopware. Dieser ist mit der Copyleft Lizenz AGPL lizenziert. => Wenn du etwas änderst, musst du auch den Quellcode deiner Änderungen öffentlich für alle zur Verfügung stellen. Außer du hast die kostenpflichtige Shopware Version.