Fakt ist: Du musst den Updateweg nutzen oder per CSV Import arbeiten. Per CSV-Import lassen sich lediglich Kategorien, Artikel und Kunden übernehmen. Es gab hier wie von Sebastian beschrieben sehr lange Updatepfade die auch gepflegt wurden - du hast hier einfach zu lange gewartet. Aber auch ein Update über die einzelnen Schritte ist kein Beinbruch, viele machen das innerhalb von 2-3 Stunden. Hängt natürlich auch mit dem Quellshop zusammen. Mit dem Thema musst du dich natürlich beschäftigen - aber das sollte klar sein, wenn man mal eben eine komplette Hauptversion (SW4) überspringt.
PS: Das Updatescript (Hat Sebastian ja oben gepostet) geht von 3.5.6 auf 4.1.2. Die Schritte sind folgende:
3.5.6 -> 4.1.2
4.1.2 -> 4.2.4
4.2.4 -> 5.1.6
5.1.6 -> 5.2.9