Hallo,
man macht es so, wie es in der von dir verlinkten Dokumentation steht, siehe: Shopware 6: Twig templates und Shopware 6: SCSS and Styling . Also alles in einem eigenen Theme (-Plugin). Und nein, das Storefront - Theme ist natürlich kein Plugin, sondern Shopware - Core.
Im platform - Ordner hat man nie etwas zu suchen oder zu verändern, auch nicht zu kopieren, dafür gibt es die Vererbung. Somit macht man auch keinen Klon oder irgendwas, man passt nur das an, was angepasst werden soll. Also exakt so wie in der Dokumentation beschrieben.
Grüße
Sebastian