Nun du hast Shopware so eingestellt, dass eine 404-Seite erscheint (und nicht die bei der Installation gesetzte Einstellung zur Rückführung auf die Startseite) wenn eine Seite aufgerufen wird die nicht existiert.
Warum die index.php sooft aufgerufen ist ganz einfach. Es wurde festgelegt, dass index.html (bzw. .php) der Einstiegspunkt / die Startseite ist.
Bei Shopware ist der Einstiegspunkt aber shopware.php (siehe die .htaccess Einstellungen dazu).
Crawler (und evtl. auch “Nerds”) prüfen diese Adresse dann einfach mal. Die gibt es nicht und wegen der Einstellungen landet man dann auf der 404.
mir fiel gerade auch auf das ich in Google Analytics oft Seiten mit index.php sehe die es gar nicht gibt. Hatte den folgenden Link auf eine Kategorie in einer Newsletter.
Wie im folgenden Link beschrieben hatte ich auch noch vom alten Shopsystem im Google Analytics Profil eine index.php als default page angegeben. Diese bewirkt das GA an alle Links die auf / enden eine /index.php anhängt.
Den Eintrag entfernen und alle neuen Ergebnisse in GA sollten wieder korrekt erscheinen.