Hallo zusammen,
rm: cannot remove - Directory not empty kann durchaus (auch als root) auftreten, wenn laufende Prozesse noch auf entsprechende Verzeichnisse zugreifen.
In solchen Fällen hilft meistens, den/die Ordner zuerst mit mv zu verschieben und dann zu löschen:
Vielleicht hilft Euch das bei der Gemütsberuhigung 
Viele Grüße