Im eigenen Theme werden erst mal nur die Ordnerstrukturen angelegt, die Dateien die Du ändern willst musst du dann im eigenen Theme selbst anlegen und so bearbeiten das diese von der eigentlichen (bare) erben,
Wenn du z.B. die frontend/index/index.tpl bearbeiten willst braucht du nicht die ganze original vom Bare im dein Theme einfügen sodern bearbeitest nur den entprechenden Block.
{extends file='parent:frontend/index/index.tpl'}
{* Beispiel-Block *}
{block name='frontend_index_navigation_categories_top'}
dein Inhat......
{/block}