Habe das jetzt mal nachgeschaut. Man kann das Charset über die config.php setzen. Dazu musst du einfach das DB-Array um eine weitere Stelle erweitern. Würde dann so aussehen:
'db' => [
'username' => 'xxx',
'password' => 'xxx',
'dbname' => 'xxx',
'host' => 'xxx',
'charset' => 'utf8mb4',
],
Dann hast du auch beim Update keine Probleme - die config.php wird nie überschrieben.