Hallo zusammen,
wie ihr bereits erkannt habt generiert Shopware 6 für jede Variante eine eigene URL, dieses Verhalten führt leider immer wieder genau zu dem Problem, was ihr aktuell habt. Der Hintergrund ist eigentlich, dass man für die unterschiedlichen URLs dann auch unterschiedliche Beschreibungen und Bilder hinterlegen kann, was aber gerade bei Kleidergrößen SEO technisch nicht sinnig ist.
Ihr solltet dann aber bei jedem Produkt einen Canonical Tag auf den Parent setzen, wie @coldseason schon richtig beschrieben hat.
Wenn Ihr Euch etwas mit Shopware auskennt, dann empfehle ich Euch den Verweis auf den Parent so zu setzen:
{% sw_extends '@Storefront/storefront/page/product-detail/meta.html.twig' %}
{% block layout_head_canonical %}
{% if page.product.parentId and shopware.config.AtlOutdoordinoTheme.config.active %}
<link rel="canonical" href="{{ seoUrl('frontend.detail.page', { productId: page.product.parentId }) }}" />
{% else %}
<link rel="canonical" href="{{ seoUrl('frontend.detail.page', { productId: page.product.id }) }}" />
{% endif %}
{% endblock %}
So könnt ihr mit:
bin/console dal:refresh:index && bin/console cache:clear
die SEO URLs neu generieren lassen und vermeidet duplicate content.
Ich habe auch gerade ein Plugin der Shopware Community entdeckt, das genau dasselbe macht:
Also einfach das Plugin installieren 
Ich hoffe ich konnte Euch etwas helfen.
Viele Grüße
Luca von Atloss