Danke @Pickware für eure Hilfe.
Hier mal die grobe Lösung, falls sich auch mal jemand im Kreis dreht.
Es gab bei euch Datenbank-Inkonsistenzen bzgl. Einträgen in der Migrations Tabelle. Wir haben deshalb die entsprechenden Einträge entfernt, sodass die Migrationen korrekt nochmal durchgeführt wurden.
Danke