Permission denied beim Befehl bin/console

Gut - wenn Du als Shell /bin/bash (chrooted) verwendest, reicht ein

cd httpdocs
bin/console

Funktioniert das nicht, ist in Deiner CHROOT Umgebung kein PHP installiert und Du hast auf /usr/bin/php keinen Zugriff da außerhalb von Deiner CHROOT. Falls möglich, entsprechend die Shell auf /bin/bash anstelle von /bin/bash (chrooted) umstellen.