Ohne es getestet zu haben (aus dem Gedächtnis heraus), ist das eine Design Entscheidung von Shopware.
Die Änderung der Versandart oder Zahlungsart aktiviert nicht erneut die Berechnung der Gesamtsumme. Es wird lediglich die Art geändert (wie gesagt, aus dem Gedächtnis heraus). Entsprechend werden Änderungen der Versandkosten ignoriert (auch im Fall von kostenpflichtig zu kostenlos).
Um das Problem zu umgehen, musst du bei entsprechender Versandart den Wechsel unterbinden (in dessen Einstellungen).
Das Ganze würde nur manuell oder über Storno und neu bestellen funktionieren.