Lagerstandsimport - Fehlermeldungen

Wir spielen stündlich den Lagerstand aus der Warenwirtschaft ein. In der Warenwirtschaft haben wir ca. 4000 Produkte, im Webshop etwa 1000. Das CSV wird jedoch über alle 4000 erstellt. Nun gibt es für die 3000 Fehlermeldungen. Hat wer eine Lösung? Es wird immer so sein, dass in der Warenwirtschaft mehr Produkte als im Shop sind. Zum Beispiel auch bei neuen Produkten werden diese bei Wareneingang sofort in der Warenwirtschaft erfasst, es gibt diese aber natürlich noch nicht im Shop angelegt. Ich will kein System, wo ich in der Warenwirtschaft alle Artikel irgendwie kennzeichnen muss, dass dies Shopartikel sind. Kann der Import nicht einfach nicht vorhandene Artikel(nummern) ignorieren? Hat wer schon dieses Problem gehabt und wie gelöst? VIELEN DANK für eure Hilfe!