Ich nutze Shopware 5.2.13 und das Custom Products v2 in der Version 1.0.6.
Folgendes Problem habe ich, alle Preise in meinem Shop werden Brutto ausgegeben und das funktioniert auch problemlos. Lediglich bei Custom Products Aufschlägen werden die Preise im Warenkorb Netto ausgegeben. Interessant dabei ist, wenn man sich als Kunde einloggt, stimmen auch diese Preise (Brutto).
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Zumindest hab ich von solchen Problemen bisher noch nichts gehört.