Ich antworte mal selbst, vielleicht hilft es wem.
Die Lösung ist folgende:
Man sollte im crontab des Servers nicht die Cronjobs von Shopware aufrufen, wenn diese als root ausgeführt werden.
Das hat zur unter anderem Folge, dass das PHP Script den Cache nicht mehr löschen darf, bzw auch Shopware selbst nicht mehr auf die Cachedateien zugreifen darf, weil diese nun root gehören.
Letztendlich habe ich es gelöst, indem ich die Shopware Cronjobs ebenfalls per PHP über wget im crontab des Servers starte.
Vielleicht nicht elegant, aber es funktioniert.
Gruß
Gunnar