An welcher Stelle stehst du vor dem Problem? Habt ihr die Mails mit den falschen Links tatsächlich verschickt oder stört ihr euch gerade nur an der Mail-Vorschau im Backend? In der Mail-Vorschau wird die Shop-URL (seltsamerweise) nicht gezogen, weswegen es hier falsch aussehen kann. Bei einer tatsächlichen Bestellbestätigungsmail oder Testmail wird der Link allerdings korrekt angezeigt.
Zumindest hatte mir das ursprünglich etwas Kopfzerbrechen bereiten. Wir nutzen aber die gleiche URL und es läuft alles ohne Probleme.