Bei Update wird immer alles auf Standard zurückgesetzt

Hallo,
sobald wir ein Update von Shopware durchführen, wird das Template auf das Standard Shopware Theme zurückgesetzt.
Außerdem müssen die Versandkosten wieder neue eingerichtet werden und Kategorien die deaktiviert waren sind auf einmal wieder aktiv.
Wie kann ich das vermeiden?
Ich starte das Update über den Updater im Adminbereich.
Danke und VG NAdja