Wenn man über das Advanced Import/Export Plugin mit dem Standardprofil einen neuen Kategorienbaum einliest, vergibt das Plugin eigene Kategoriennummern und benutzt nicht meine vorgegeben. Mit dem alten Import/Export-Tool funktioniert das ohne Probleme. Weil so ist es völlig unpraktikabel, da man natürlich nicht erst seine Kategorien namentlich importiert, um sie dann wieder zu exportieren, um dann die Kategoriennummern für den Artikelimport verwenden zu können. Auch ein Updaten wäre so nicht möglich. Nach Forensuche haben wohl mehr Leute dieses Problem, aber nirgendswo existiert eine Antwort dazu (zumindest habe ich sie nicht gefunden) Ist das gewünscht oder ein Bug?
Weder noch 
Es ist aktuell einfach nicht implementiert. Es müsste dazu schon ein Ticket im Bugtracker geben.
Ist hiermit erfolgt. Vielen Dank und schönen Abend noch.
Und wer das gleiche Problem hat, bitte nachfolgend voten!