Ohne Fehlermeldung zu deiner fehlgeschlagenen Migration, kann man da natürlich auch nicht drauf eingehen. Also am besten postest du die mal hier.
Unabhängig davon lädt der Updater das Zip Paket runter und entpackt es auf dem Server, er braucht also auf alle geänderten Dateien Schreib-Rechte und auch für den Ordner /files. Schreibrechte wären dann ja 600 oder 660, je nach Konfiguration des Webservers.
Für den Betrieb müssen alle Files und Ordner beschreibbar sein, die sich während der Laufzeit ändern. Dazu gehören Plugin-Updates (files Ordner, custom Ordner), Cache Verzeichnis (var), Medien-Verzeichnis (/public/media), Sitemap (public/sitemap), Thumbnails (public/thumbnail), Theme (public/theme). Kann natürlich sein, dass ich auf die schnelle noch etwas vergessen habe. Je nachdem welche Erweiterungen du im Einsatz hast, können die Erweiterungen natürlich auch weitere Rechte benötigen.