Mein Update läuft jetzt fehlerfrei durch. Von meinem Hoster habe ich erfahren, dass die Einstellungen in der .htaccess Datei für SSH nicht greift. Der richtige Befehlt für ein Shopware Update über die Console und PHP 7.2 lautet daher:
/usr/bin/php72 -d memory_limit=512M recovery/update/index.php