Eigentlich muss man sich nur etwas mit der Migration beschäftigen,… wie man das debuggt steht auch im Wiki. Der Threadersteller hat ja schon viel vorleistung gegeben. Es geht um diese Migration: shopware/705-rename-category-template-column.php at 5.2 · shopware/shopware · GitHub
Die schlägt in der Regel fehl, wenn in der s_core_config_values ein invalider Eintrag für die Kategorie-Templates hinterlegt ist. Dafür muss man sich aus der s_core_config_elements die passende elementid suchen (für Verfügbare Listen) und dann anhand der elementID den Eintrag aus der s_core_config_values löschen. Danach sollte auch das Update laufen.